Gobierno de Bobadilla

Las Encomiendas o repartimiento de indígenas eran perjudiciales para ellos, y tampoco favorecían a los españoles, pues todo el beneficio del trabajo de ambos iba a parar a manos de los Colón y de la Corona. Como consecuencia de las intrigas del padre Boil y de Pedro Margarite, así como las protestas y el descontento de la población española de la isla de Santo Domingo con Roldán a la cabeza, Colón fue sustituido en el gobierno de la Colonia por los Reyes Católicos, y en su lugar fue nombrado Francisco Bobadilla.

Al llegar a la ciudad de Santo Domingo, el 23 de agosto de 1500 , el gobierno estaba a cargo de Diego Colón, hermano de Cristóbal, el cual se encontraba en el interior de la isla. Lo primero que hizo Bobadilla fue exigirle que le entregara el gobierno, pero éste se negó, por lo que fue hecho prisionero. Luego envió a buscar a Cristóbal y a Bartolomé y los apresó también. Los envió a todos a España.

Comenzó entonces a implantar una política en beneficio de los españoles de la Colonia: incentivó la explotación privada e hizo que los indígenas se dedicaran básicamente a la extracción de oro de los yacimientos que había en Haina y en el Cibao.
El sistema de las Encomiendas fue favorecido, pues se continuaron repartiendo indígenas, incluso muchos fueron movilizados hacia las zonas auríferas, con lo que hizo desaparecer los poblados indígenas.

Esas medidas beneficiaban a los españoles de la Colonia, en menoscabo de los beneficios que debía recibir la Corona. Todo esto hizo que lo destituyeran del gobierno que solo duró dos años. Para sustituirlo fue nombrado Nicolás de Ovando .