La hidrogeología a su vez se divide en subramas que se han dado como origen de los estudios realizados a las diversas estructuras tectónicas de la corteza terrestre. Entre ellas podemos mencionar las siguientes:
Hidrogeología Aplicada: Es aquella subrama de la hidrogeología que estudia las captaciones y sondeos de las aguas.
Hidrogeología física: es aquella subrama de la hidrogeología que se encarga del estudio de la física y la dinámica en las aguas subterráneas.
Hidrogeología Química: es la subrama dedicada la relación entre el agua y su origen.
Hidrogeología Estructural: Estudia la relación que existe entre las aguas y su estructura tectónica.
Hidrogeología Cárstica: Es aquella que estudia las aguas que transitan por las rocas calizas y rocas afines.
Hidrogeología Termomineral: Es aquella que estudia las aguas mineromedicinales.
